世界衛生組織於二十世紀末指出，新世紀的國際公共衛生議題，感染症將成為威脅人類健康的最重要疾病之一，隨著人類生活型態改變、病毒與致病性微生物不斷適應、變異，使得各種新興傳染病及再浮現的傳染病不斷發生，又因全球暖化有利於昆蟲的孳生，蟲媒性感染症預期將造成新的衝擊。
透過預防接種是預防感染症最直接有效的方法，更能降低醫療成本，而致病原的地方化，不同國家感染症流行狀況各有不同，必須仰仗國人自行研究及發展本土疫苗，因此針對台灣地區重要之感染症問題，應做好緊急應變與中長程研究之規劃，以維護國人健康。
擬解決不同感染原造成之感染症問題如下：
- 抗生素濫用導致全球多重抗藥性細菌、黴菌，或超級細菌的流行，因此開發快速發現及鑑定出感染原、了解其抗藥性及致病機轉，並藉建立有效的預防及治療方法為防疫成功的關鍵。
- 隨著人類生活型態改變、病毒與致病性微生物不斷適應、變異，使得各種新興傳染病及再浮現的傳染病不斷發生，又因全球暖化有利於昆蟲的孳生，新興感染症發生勢必造成重大衝擊，即時的流行訊息及疫苗研發，為降低感染發生率與死亡率之所需。
- 全球每年有近三百萬人死於結核病，在台灣，結核病為每一年確定個案數及死亡數最多的法定傳染病，可見其防治的必要性與急迫性。了解與結核相關之宿主特性，研發新型結核疫苗，以解決卡介苗效力不足之問題，降低結核之發生率與死亡率。
- 癌症為十大死亡原因之一，而病毒感染與癌症形成有直接或密切的相關性。為了協助降低癌症對人類的威脅，探討嚴正相關病毒其之致病機轉，包括發炎及代謝在致癌之角色，並依據可能的信息路徑，研發免疫治療法、化學預防藥物開發，及治療性疫苗研發。
- 預防接種是預防感染症最直接有效的方法，更能降低醫療成本，而致病原的地方化，不同國家感染症流行狀況各有不同，因此本土及新型疫苗的研發不可間斷。
本所之研究，擬透過實證，進行介入性措施，依據衛生福利部健康促進&疾病預防之研究策略，協助確保衛生安全的環境，及永續提供高品質醫療服務。執行之研究包含以下五大方向：
(一) 細菌/黴菌抗藥性監測、治療與政策建言；
(二) 新興病毒監測、致病機制研究與疫苗研發；
(三) 結核病研究與新型疫苗開發；
(四) 腫瘤病毒致癌機制研究與治療研發；
